Al crearse, el CRRH-SICA asumió la función de orientar y dirigir los programas del Sub Comité en los campos de la electrificación y recursos hídricos en el istmo centroamericano. La primera Reunión ordinaria del Comité Regional de Recursos Hidráulicos (CRRH-SICA) se realizó en El Salvador, del 5 al 8 de diciembre de 1966, siendo elegido como primer Presidente el Ing. Roberto Jovel, representante de la Comisión de Recursos Hídricos de El Salvador.

El programa propuesto se aprobó y se puso en ejecución mediante un primer proyecto en 1967, bajo la coordinación del CRRH-SICA y con la cooperación de la Organización Meteorológica Mundial (OMM). Esta primera iniciativa fue el “Proyecto Hidro-Meteorológico Centroamericano” (PHCA).

Con la entrada en funcionamiento del SICA, el 1o de febrero de 1993,  el CRRH-SICA estableció una vinculación de mayor orden como organismo especializado, pasando de una agenda dedicada a las acciones relacionadas con el clima y la hidrología a una que contribuya al manejo integrado del agua en el istmo centroamericano.

Con la aprobación, por parte de los Presidentes centroamericanos, del Marco Estratégico que vincula al Plan para el Manejo Integrado de los Recursos Hídricos en Centroamérica (PACADIRH), el CRRH-SICA adquirió mayor relevancia, al constituirse en la Secretaría del Grupo Consultivo del Agua del Sistema de la Integración Centroamericana, la cual es una estructura de implementación del PACADIRH.