El CRRH está constituido por un Consejo Director integrado por un miembro representante de cada uno de los gobiernos de Guatemala, Belice, El Salvador, Honduras, Nicaragua, Costa Rica y Panamá. Estos miembros son los Presidentes de los Comités Nacionales de Meteorología y Recursos Hídricos de cada país. De esta forma, son miembros del CRRH los organismos Partes de los Comités Nacionales en cada país, Instituciones de Meteorología, Hidrología y Aguas.

 

En cuanto a su estructura operativa, el CRRH cuenta con un Presidente y un Secretario Ejecutivo. La Secretaría Ejecutiva está establecida en Costa Rica, cuyo gobierno ha reconocido oficialmente al CRRH, mediante decreto Ejecutivo Nº3492-A del 15 de enero de 1974.